一、保函开立时间
对预付款保函的开立时间，不同的合同范本有着不同规定。以FIDIC合同和ENAA合同为例进行对比（见表2）。
由于FIDIC合同规定履约保函开具时间为收到中标通知书后28天，而通常预付款保函同履约保函都是同时开出，因此可认为FIDIC和ENAA合同对于预付款保函开具时间的规定大致相同，只是FIDIC通用条款中预付款保函不与合同生效或开工挂钩。
但由于多数情况下收到中标通知书后很难在28天内完成合同谈判及签约，故对于保函开立时间，建议提早与业主进行沟通协商或在投标阶段提出澄清，将保函开立时间延长；另外据笔者经验，还有一种相对合理、业主也较容易接受的约定为，在其它生效开工条件均达成后（7/14/21）天内完成保函开立。
二、保函递减机制
递减机制是预付款保函的独有特性。根据预付款是否需在进度款支付证书中进行专项扣除，合同对于预付款的安排通常有两类不同的机制，继而导致预付款保函递减方式的差异。如FIDIC和ENAA合同即分别属于这两类机制（见表3）。
实践中需注意分辨这两种不同机制的区别，有些粗心的合同会出现前后自相矛盾的情况。同时可看出FIDIC的机制预付款返还的时间重心靠前，对业主有利，影响承包商前中期收款，但可实现预付款保函的及早释放；而ENAA合同全程做等比例扣除，对承包商更为公允。在实践中应根据每个合同实际情况做出兼顾自身权益及合理性的安排，同时随着付款进度及时开展保函递减工作。
三、对于保函开立行、转开行的约定
虽然FIDIC条款规定了保函需由经甲方同意的实体开具，但对于境外开来的保函，仍建议将保函需由信誉好的金融机构开具，并经国内银行转开（而非通知）写入合同中，在签约前即将此要求予以明确，以避免有些国外公司在签约后由于双方博弈地位转换，以不具可操作性或时间紧为由倒逼我方接受由当地直开、或由资信一般金融机构开具的保函。
四、保函索兑需符合合同规定
独立保函虽说是甲方手中一个重要的“战略武器”，但也不是万金油，“见索即付”只是针对开证行而言，并非索兑成功就万事大吉，若保函兑付并不满足合同相关规定，保函开具方仍可采取诉讼、仲裁等手段追回损失；在特定情况下甚至可以欺诈（fraud）或滥用（manifest abuse）为由实现保函止付。国际项目情况复杂，涉及不同法域，特别是对国外分包经过转开而来的保函进行索兑更是存在一定不确定性，故不能简单地把对方开给我方的保函等同于一个“现金押金”而高枕无忧。比如若在项目执行过程中产生需要对方提供一定担保的事项，应让对方另行开立保函或担保物，而不可将手上的预付款保函、甚至履约保函看做担保物。