三格式化粪池由三个相互连接的密封化粪池组成，粪便从一个化粪池向下游通过粪便进水管进入流向第三个化粪池。每个储罐的一个原则是：
一塘：首先拦截含卵较多的粪便，粪便发酵分化，疏松的粪块因发酵膨胀而上升，下沉更严重，形成浮粪皮、中粪液、下沉粪渣。
利用寄生虫比粪尿混合物比例更严重的原理，自然沉降在化粪池底部。粪肥液的浸泡和翻转用于溶解粪肥块，将其液化，并将粪肥残渣保留在池塘底部。厌氧发酵：化粪池封闭的厌氧环境，可以分化蛋白质有机物，产生氨等物质，可以杀死寄生虫卵和病菌效果。
第二池：进一步发酵沉淀效果。与一池相比，第二池的粪皮和粪渣数量减少，因此发酵分化程度较低。因为没有新的粪进入，粪液处于相对停止的状态，有利于粪池中漂浮的卵继续下沉。
第三池：一个存粪的效果。经前二格处理的粪液三塘进入基本无寄生虫卵和病原微生物，符合无害化粪液要求，可用于农田直接施肥。