投标保函办理手续费（银行保函）得根据办理方式来定，如果企业自己去银行办理，交全额保证金，然后按照季度交手续费，大概在几百块不等，还有一种方式是通过占用第三方担保公司在银行的额度出的保函（分离式保函），这种保函跟企业自己去出保函效果一样，出的保函上不体现担保公司，只体现受益人、申请企业、项目名称、保函金额和期限等信息，这种费用也是几百块，但是不用交保证金。
一、企业自己去银行开。
（1）尤其次去，需要准备很多资料：经申请人签章的《出具保函申请书》（建设银行格式），包括标书、合同、有关部门批准件在内的保函背景资料，申请人加盖公章的保函格式，近期经审计的财务报表，反担保措施及相关证明文件等。
（2）银行审核申请人资信情况、履约能力、项目可行性、保函条款、及其提交材料的完整性与合法性。
（3）落实反担保措施
（4）签订《出具保函协议书》（中国建设银行格式）
（5）对外开出保函。
整个流程比较复杂，从提交到出保函，大概得需要7-14天不等。
预付款保函除在国际工程承包项目中使用外，也适用于货物进出口、劳务合作和技术贸易等业务。例如，在成套设备及大型交通工具的合同中，通常采用带有预付性质的分期付款或延期付款支付部分价款。在这种交易中，进口人在签订合同后，向出口人开立履约保证书，由银行保证进口人按合同规定按期支付价款，同时，出口人也向对方开立还款保证书。如出口人不能按期交货，银行保证及时偿还进口人已付款项的本金及所产生的利息。
商业保函与银行保函有什么区别？
1、信用不同：银行保函是由银行直接出具的，属于银行信用，而商业保函是由专业的担保机构或商业机构出具的，属于商业信用。
2、用途不同：银行保函多用于国际贸易，国内会比较少，属于国际担保业务，而商业保函多用于国内国家。
3、商业保函相对于银行保函要简单上许多，其不需要准备太多的资料，而且办理速度快，费用也比较低。
4、商业保函的格式条款相对于会灵活一些，而银行保函的格式就会比较严谨，不能随意更改。