北京大学第六医院门诊设有普通门诊、专家门诊、特需门诊、中西医结合门诊、神经内科门诊、多专家会诊以满足不同层次、不同问题患者的就诊需求;还设有进食障碍、成瘾行为、睡眠障碍、记忆障碍、行为分析治 疗、精神疾病康复咨询、心理、老年儿童等相关专业门诊，以满足就诊者对专科或特殊方向的咨询和治 疗需求。
2014年10月23日，北京大学第六医院被科技部、国家卫健委和总后勤部卫生部正式认定为国家精神心理疾病临床医学研究中心。由北京大学第六医院牵头并联合北京大学心理与认知科学学院、中国依赖性研究所等共建单位共同组建的国家精神心理疾病临床医学研究中心，旨在针对临床研究瓶颈问题，开拓临床研究创新体系，建立以多目标、多任务研究方案为基础的新型临床研究模式;构建规范化、高质量的协同研究网络和多中心研究平台，开展多中心、大规模、高质量的精神心理疾病临床研究，提高全国精神心理疾病预防、诊断、治 疗和康复的综合服务水平，切实解决临床关键问题。
刘琦强调，需要各级政府加强投入，对儿童自闭症从国家层面上高度重视，各种对自闭症儿童的诊疗、科普、关爱、康复活动广泛展开，为自闭症儿童家庭带来希望。而且科学研究方面也加强了经费投入，使得更多的科学家投身于这方面的研究。抑郁症的患病率高，影响更大，更需要从国家层面、各级政府层面的投入。
在临床精神病学领域，着重于以各类主要精神障碍为中心的临床与应用研究、精神临床研究、心理治 疗理论与实践研究、精神行为与神经认知评估工具的开发与应用研究等;主要开展精神分裂症、阿尔茨海默病及轻度认知障碍、老年期抑郁症、双相情感障碍、重性抑郁障碍等常见精神障碍的临床与应用基础研究，积极探索构建主要精神障碍多中心临床研究平台的工作机制，创建了较稳固的全国多中心协同研究网络;在相关疾病的神经生物学机制、早期诊断生物标记物、临床评估与早期干预等领域取得了重要进展。