国内信用证体现的是单款对流的方式，银行承兑汇票体现的是货款对流的方式。在国内信用证项下的商品交易，卖方是凭单交货，买方是凭单付款。卖方向承运人提供货物后获得运输单据(凭单交货)，再将全套单据(包括代表物权的单据如货物提单、商业发票等)交给银行，由银行办理托收(或向银行办理议付)，买方向通知行付款赎单(凭单付款)。而银行承兑汇票项下的商品交易通常采用的是一手交钱，一手交货的方式即买方向卖方交付票据(通过背书方式)，卖方验票后交货。
在实际操作上银行在开具银行承兑汇票的时候，对其他票据的审核流于形式或根本就无需提供，银行在开具相关金额的汇票时会从申请人的账户上先行扣除票面金额，如账户金额不足的话是不给予开具的，即银行只审核资金是否充足。
而申请国内信用证，在银行的审核上如同贷款的审核流程。更多审核的是合同内容与事实相符。
银行承兑汇票是银行到期无条件付款，承兑银行见到到期的银行承兑汇票后，只要审核汇票背书连续及汇票的真实性后即可付款：而国内信用证开证(议付)行必须审核信用证及其所附单据，保证单证相符、单单相符后方可付款。银行承兑汇票一般都是在汇票到期日由承兑银行支付款项，而国内信用证的付款期限可分为即期付款和延期付款(两者都要在信用证有效期内)，即期付款是指开证行在收到受益人提交的符合信用证要求的单据后，立即向受益人支付款项(一般是在五个工作日内)，延期付款是指在货物发运日后某一日付款。其中，即期付款的国内信用证和银行承兑汇票不同，它没有到期日的概念，随到随付。
银行承兑汇票贴现时，受理银行虽然要求提供能够证明该银票项下的交易确已履行的凭证(包括与其直接前手之间的增值税发票和货运单据)，但贴现银行到期办理委托收款时不再需要附这些证明单据。实际上，只要保证汇票本身的真实性和背书连续，承兑银行就必须付款。实际工作中，大多数银行在办理银行承兑汇票贴现时，出于各种各样的原因，对增值税发票、运输单据的审查往往只是流于形式。因此，两者虽然都要求有贸易背景，相比之下国内信用证更加强调商品交易履行合同的真实性。