北中医三院目前编制床位520张，有34个临床科室，5个医技科室，4个门诊部，3个社区卫生服务站;医院有正高职称专家62名，副高职称专家113名，具有博士学位人员161名，硕士学位人员204名。医院有北京中医药大学经方现代临床应用研究所、北京中医药大学骨伤科研究所。
预约挂号，挂专家号更是“一号难求”,这是当前许多大型医院的普遍现象。预约挂号是各地近年来开展的一项便民就医服务，旨在缩短看病流程，节约患者时间。这种预约挂号大多通过医疗机构提供的电话或者网络进行，基本上是免费或者只收取很少的手续费。由于预约挂号需要事先登记患者的信息，并且可以减少在医院挂号窗口排队等待之苦，因此它一定程度上也有利于改善就医环境，促进“实名制”的推行，受到了不少患者的肯定和欢迎。 2016年初开始，北京市在其市属医院推行预约挂号制度，该制度正在进行普及。
规范专家出诊 《意见》要求，医务人员要按既定的时间出诊，特殊情况下需要变动的，要提前公告，取得患者的理解，并进行妥善安排。要按照医院工作制度要求，规范医务人员特别是专家出诊、会诊、休假等的管理。《 意见》要求，出诊安排一经确定在一周时间内原则上不得无故变动。 此外，《意见》还要求二级医院也要逐步开展上述工作。
北中医三院拥有磁共振成像系统、瑞典医科达Precise直线加速器、德国Siemens数字减影血管成像系统（DSA）、消化内镜诊疗系统等大型进口诊疗设备，为医院的急危重症救治提供了完善的技术保障。